Mechanismy paradoxu obezity nejsou zcela objasněny a jsou zřejmě rozdílné u různých onemocnění. U arteriální hypertenze může být paradox obezity způsoben nevhodnou antihypertenzní léčbou.
U nemocných s ischemickou chorobou srdce může hrát větší úlohu v patogenezi genetická predispozice u hubených pacientů, která vede k horší prognóze. U pacientů s chronickým srdečním selháním souvisí paradox obesity více s metabolickým stavem organismu.