Závažnou formou toxoplasmózy jsou ohroženi především imunokompromitovaní nemocní, osoby na imunosupresivní terapii, gravidní ženy, novorozenci a pacienti s toxoplasmovou chorioretinitidou. Standardní kombinací je podávání pyrimethaminu se sulfadiazinem.
U gravidních žen léčbu podáváme od 15. týdne gravidity, do té doby je jim podávána zajišťovací léčba spiramicinem. Kongenitální toxoplasmóza je léčena pyrimethaminem a sulfadiazinem s možností cyklického střídání se spiramicinem.
U očních forem je variantou záměna sulfadiazinu za klindamicin. Rovněž optimální kombinace u imunokompromitovaných je pyrimethamin a sulfadiazin, při intoleranci této léčby jsou možná i jiná schémata.
Základní primární profylaxi mozkové toxoplasmózy představuje cotrimoxazol. Sekundární profylaxi u těchto pacientů vedeme po dobu jejich těžkého imunodeficitu v redukovaných dávkách pyrimethaminu a sulfadiazinu.