Infekce jsou jedním z nejčastějších faktorů, které vedou k exacerbaci roztroušené sklerózy. Virus Ebstein Barrové je dokonce suspektním infekčním agens, podílejícím se na patogenezi onemocnění.
Z klinické praxe plyne, že pacientům s roztroušenou sklerózou není doporučeno jakékoliv očkování v obavě ze zhoršení choroby. Z analýzy klinických studií je však zřejmé, že většina vakcín je zcela bezpečných a může naopak rizikové skupiny pacientů před infekcí chránit.
U 0.5% očkovaných se může vyvinout autoimunitní / zánětlivý syndrom, indukovaný adjuvans.