Průtoková cytometrie je moderní analytická metoda používaná v klinických i výzkumných laboratořích k imunofenotypizaci vybraných buněčných subpopulací v suspenzi (periferní krve, aspirátu kostní dřeně, mozkomíšního moku atd., ale i buněčné suspenzi získané z nefixovaného solidního tumoru). Poskytuje současně informace o četných povrchových nebo intracelulárních znacích analyzovaných elementů.
V klinické praxi k tomu využívá fluorescenčních monoklonálních protilátek proti povrchovým nebo intracelulárním antigenům, které jsou asociovány s určitým typem buněk (T-lymfocyty, B-lymfocyty, apod.), jejím vývojovým stádiem nebo monoklonalitou (např. lehké řetězce povrchových imunoglobulinů). Pravděpodobně nejširšího využití dosáhla metoda v diagnostice hematologických malignit, kde právě rychlá a přesná diagnostika dává lékaři stěžejní informace ke správnému stanovení diagnózy a k výběru optimální léčby, následně lze takřka v reálném čase sledovat efekt léčby.