Fenomén zakrslých kolonií S. aureus, tzv. malé kolonie variant (SCVs), je spojen s chronickými a recidivujícími stafylokokovými infekcemi. Nejčastěji se tyto fenotypové varianty liší od běžných kmenů S. aureus velikostí kolonií, morfologií, pigmentací a dalšími vlastnostmi, jakož i molekulárně genetickými změnami.
SCVs se často objevují v důsledku mutací regulačních genů. Mutace jsou příčinou SCVs auxotrofie.
Z klinického hlediska jsou důležité: zvýšená schopnost odolávat SCVs antibiotické terapii a také schopnost přetrvávat v eukaryotických hostitelských buňkách.