Na základě vyhlášky č. 393/2012 Sb., jíž se mění vyhláška č. 395/1992 Sb. (dále jen vyhláška), kterou se provádějí některá ustanovení zákona č. 114/1992 Sb. o ochraně přírody a krajiny, (dále jen ZOPK), došlo ke zrušení slov „kormorán velký – Phalacrocorax carbo“ v příloze č. III vyhlášky, čímž byl vyškrtnut kormorán velký z kategorie „ohrožený“ v seznamu zvláště chráněných živočichů.
S účinností od 1. dubna 2013 tak přestal být zvláště chráněným živočichem podle ZOPK. Vyškrtnutí ze seznamu zvláště chráněných druhů neznamená, že by již nebyl v české přírodě chráněn, stále se na něj vztahuje tzv. obecná ochrana volně žijících živočichů ve smyslu ustanovení § 5 odst. 1 a ochrana volně žijících ptáků ve smyslu ustanovení § 5a odst. 1 ZOPK