Fylogenomická analýza založená na 143 genech a doplněná a sofistikované postupy zpracování dat podpořila monofýlii skupiny Excavata. Navíc rozřesila příbuzenské vztahy mezi eukaryotickými říšemi, které se seskupily do skupin Opisthokonta+Amoebozoa na straně jedné Cromalveolata+Rhizaria+Plantae na straně druhé.
Excavata zaujala klíčové postavení mezi těmito dvěma velkými seskupeními.