Avifaunu ČR tvoří 406 druhů ptáků. Ve srovnání se začátkem 80. let 20. století početnost asi třetiny druhů poklesla, u třetiny vzrostla a zbytek zůstává stabilní.
Přibývají zejména druhy, které jsou předmětem mezinárodní ochrany, druhy těžící z měnícího se stavu lesů či zvykající si na blízkost člověka. Nejrychleji naopak mizí ptáci zemědělské krajiny a některé druhy vázané na mokřadní biotopy.
Intenzifikace zemědělství spolu s opouštěním půdy a zarůstáním krajiny vede k ústupu polních ptáků. K úbytku mokřadních ptáků přispívá zejména intenzivní rybníkářství.
Naopak očekáváme pozitivní vliv vyhlášení ptačích oblastí soustavy Natura 2000. Problémy přinášejí lidské stavby v energetice a dopravě či necitlivé rekonstrukce objektů.
Ochrana přírody selhává v případech úbytku polních a mokřadních ptáků a není příliš účinná ani v druhové ochraně. Jedním z důvodů je nedostatečné využívání a podpora vědeckých poznatků včetně poznatků z dlouhodobého monitoringu.