Identifikace a charakterizace repetitivních extragenových palindromů (REPs) - asociovaných s tyrosinovými transponásami: implikace evoluce REP sekvencí v bakteriálních genomech
Abstrakt
Bakteriální repetitivní extragenové palindromy (REPs) vytvářejí charkteristickou skupinu genomických repeticí. Jsou obvykle zastoupeny ve velkém počtu (>100 kopií/genom) a jsou seskupeny do kompositních repetitívních struktur- bakteriální mosaikové struktury BIME).
Tyto struktury jsou ohraničeny REPy v alternativní orientyci. Jeukázáno, že BIMEs a REPs jsou vazebnými místy pro řadu proteinů a ovlivňují organizaci chromosomu a transkripční terminaci.
Jejich původ byl doposud neznámý. V tomto článku popisujeme novou třídu transponás, příbuzných s IS200/IS605 rodinou transponás a demonstrujeme, že jsou asociovány s bakteriálními REPy.
Geny kodující tyto transponásy jsou ohraničeny dvěma REPy v inverzní orientaci, struktuře typické pro IS elementy. Tyto transponázy jsou zodpovědné za vytváření REP sekvencí i mosaikových struktur BIME a že tyto sturktury jsou novým typem neautonomních transpozičních elementů, mobilizovatelných RYAT transponázami.