Echokardiografie je spolu s počítačovou tomografií mozku a sonografií krčních tepen jedním ze základních vyšetření u pacientů s cerebrovaskulárními záchvaty. Transtorakální echokardiografie se provádí u všech pacientů s cerebrovaskulárními záchvaty.
Transoezofageální echokardiografie je indikována u pacientů s fibrilací síní, dilatací levé síně, s umělou chlopní nebo u mladých pacientů s jinak nejasným cerebrovaskulárním záchvatem. Echokardiografický nález může zásadním způsobem rozhodnout o indikaci antikoagulační léčby u těchto pacientů a výrazně tak snížit riziko relapsu cerebrovaskulárního záchvatu.