Oddělení aplikovaného výzkumu CNS se podílí na integraci neurobiologického zkoumání duševních poruch. Zaměřuje se zejména na praktické využití neurokognitivního modelu při zmírnění následků, vylepšení funkčního výsledného stavu a augmentaci terapie schizofrenie.
Za podpory CNS vzniklo specializované počítačové pracoviště pro psychologická vyšetření, neuropsychologickou diagnostiku a rehabilitaci. První výsledky programu počítačové rehabilitace kognitivních funkcí u schizofrenie ukazují pozitivní vliv na některé oblasti kognitivního deficitu.
Přínosem je také publikace baterie neurokognitivních testů, studie validizace některých neuropsychologických testů a publikace nových testových norem. Významný praktický klinický dopad má i studie skupinového psychoedukačního programu pro nemocné se schizofrenií a jejich příbuzné.
Její výsledky ukazují především pozitivní vliv na kvalitu života. Aplikovaný výzkum CNS se rovněž zabývá dalšími klinickými problémy spojenými s léčbou duševních poruch, například farmakoterapií v těhotenství a laktaci.
CNS plní také jeden ze svých cílů, kterým je podpora postgraduálního vzdělávání mladých vědeckých pracovníků.