Tradičně pojímaná představa, že roztroušená skleróza probíhá jako chronický autoimunitní zánět centrálního nervového systému, který vede k manifestací perivaskulárních zánětlivých lézí v bílé hmotě mozkové s následnou demyelinizací, se ukazuje jako neúplná. V souvislosti s novými morfologickými a molekulárně biologickými nálezy je patrné, že již v iniciálních fázích onemocnění dochází k excesivní axonální ztrátě, na které se účastní zánětlivé děje, ale i neurodegenerativní změny.
Tato axonální ztráta vede k ireverzibilnímu neurologickému deficitu. Vzhledem k tomu, že pomocí nových diagnostických kritérií lze stanovit diagnózu roztroušené sklerózy velmi rychle, je nutné zahájit i včasnou protizánětlivou léčbu.
K ovlivnění neurogenerativních změn je třeba zavést do terapeutické praxe nová neuroprotektivní farmaka.