Anafylaxe je definována jako těžká, akutní alergická reakce postihující několik orgánů. Základní efektorovou populací jsou mastocyty, hlavní aktivační cesta je zprostředkována pomocí IgE, pravděpodobně i komplementem a jinými dráhami.
Mastocyty jsou lokalizována difúzně po těle s odlišným způsobem chování. Histamin a tryptáza uvolněné při aktivaci mastocytů jsou používány jako diagnostický znak anafylaxe.
Organizmus má vlastní obranné kompenzatorní mechanizmy, které mohou být narušeny různými vlivy.