U akutních průjmových onemocnění se antibiotika běžně nepodávají, protože žádoucí efekt (potlačení růstu patogenních baktérií) je velmi často znehodnocen střevní dysmikrobií, kterou podání antibiotika způsobilo. V článku jsou popsány situace, kdy je podání antibiotik u pacientů s průjmem indikováno.
Dále jsou popsány charakteristiky čtyř nejvýznamnějších antibiotik, která se používají v iniciální nebo empirické terapii enterokolitid: ciprofloxacinu, kotrimoxazolu, klaritromycinu a rifaximinu