Metody molekulární kardiologie rozšířily naše znalosti o kardiomyopatiích. U hypertrofické kardiomyopatie byla detekována existence nejméně devíti mutací genů těžkého řetězce beta-myosinu na rameni 14. chromozomu.
Ty způsobují substituci aminokyselin v molekule tohoto proteinu s následným zpomalením posunu aktinu proti myosinu během svalových kontrakcí. Přítomnost genové mutace těžkého řetězce beta-myosinu je přísně specifická pro hypertrofickou kardiomyopatii, mutace způsobují nejen rodinné případy onemocnění, ale také jeho sporadický výskyt.
Existuje nosičství mutací, nositelé mohou být z klinického hlediska docela zdraví. Jednotlivé mutace se liší svou penetrací a odlišn ým rizikem náhlé srdeční smrti. 100% penetrace a vysoké riziko náhlé srdeční smrti jsou způsobeny zejména mutací se substitucí glycinu argininem v poloze 403.
Kromě možných bodových mutací existují také mutace s delecí části tohoto genu a také mutace na chromozomy 1, 11 a 15; zatím však nebyly identifikovány geny s těmito mutacemi. U dilatované kardiomyopatie jsou genové mutace příčinou rodinných nemocí, které tvoří přibližně 20% všech těchto onemocnění.
Mutace mohou ovlivnit také gen dystrofinu na chromozomu X a geny mitochondriálního genomu, které kódují zejména primární strukturu polypeptidů účastnících se oxidační fosforylace. Mutace jako příčina kardiomyopatií pravděpodobně vyžadují změnu definice těchto onemocnění.