Detekce bakterií komplexu Burkholderia cepacia pomocí PCR jako jeden z hlavních faktorů pro zvládnutí dlouholeté epidemie
Abstrakt
Záhy po identifikaci epidemie v pražském centru cystické fibrózy (CF), kterou způsobila Burkholderia cenocepacia ST32, byly do diagnostické rutiny zavedeny metody molekulární genetiky. Techniky genotypizace byly použity jako součást surveillance infekce a zároveň k určení bakteriálního druhu a kmene u vzorků pozitivních na Burkholderia cepacia complex (Bcc).
Cílem této práce bylo posoudit užitečnost druhově specifického PCR v kontrole infekce a zmapovat průběh epidemie. Od roku 2001 jsme vyšetřili 6109 vzorků dýchacích cest od 299 pacientů s CF jak kultivačně, tak pomocí PCR.
Diagnóza infekce Bcc byla potvrzena kultivačně ještě před rokem 2001 u 54 pacientů. Jelikož dalších 39 pacientů bylo diagnostikováno pomocí kultivace či PCR během 2001-2010, roční prevalence infekce činila 18.5%-28.9%.
Dvanáct z 39 pacientů bylo kultivačně negativních v době první pozitivity pomocí PCR. Ačkoli 2/3 z nich se později staly kultivačně pozitivní, časová prodleva v diagnóze cestou kultivace činila 1 až 22 měsíců.
Nové případy infekce Bcc byly zjišťovány každý rok, ovšem dramatický pokles byl zaznamenán v případě výskytu epidemického kmene ST32. Segregace pacientů s infekcí Bcc, která v sobě zahrnovala i pacienty pouze s pozitivitou PCR, představuje velmi pravděpodobně stěžejní faktor v úspěšném zvládnutí epidemie kmenem ST32.
Diagnostické PCR vede k časné identifikaci případů s "kultivačně neviditelnou" infekcí.