Virus klíšťové meningoencefalitidy koloval mezi živočichy v přírodních ohniscích patrně odedávna. Lidské infekce se prvně objevily ve střední Evropě ve čtyřicátých letech minulého století, ale rychle se rozšířily do většiny zemí tohoto kontinentu.
V posledních letech je ročně v Evropě hlášeno kolem 10 000 klíšťových meningoencefalitid, z toho v České republice 600 až 1 000. Zdrojem nákazy jsou nejčastěji drobní infikovaní lesní hlodavci, od nichž se sáním krve nakazí kterékoliv z vývojových stádií klíšťat Ixodes ricinus.
Ta pak šíří infekci jak na dosud zdravé živočichy, tak na člověka. Bezpečnou ochranou před touto i život ohrožující infekcí je inaktivovaná vakcína.