Johann Waller se stal primářem kožního oddělení po smrti Aloise Krause v roce 1848. Waller byl jmenován mimořádným profesorem oboru kožních chorob a syfidologie v roce 1851.
Ve svém oboru se věnoval zejména syphilis a její nakažlivosti. Dokázal infekčnost sekundárního stádia syfilis přenesením sekretu z condylomata lata nemocného pacienta na jiného, zdravého člověka, o čemž publikovat články v časopisu "Vierteljahrschift für die praktische Heilkunde".