Obstrukční spánkové apnoi je přisuzován významný podíl na rozvoji srdečních a cévních onemocnění, jako je sekundární hypertenze, městnavá srdeční nedostatečnost, ischemická choroba srdeční spolu s cerebrovaskulárními onemocněními a arytmie. Patogenze není dosud zcela probádaná, je multifaktoriální.
Jako zprostředkující mechanizmy se uplatňují hypoxie, hyperkapnie, extrémní negativní nitrohrudní tlak, patologická aktivace sympatiku, poruchy funkce endotelu, oxidativní stres, zánět, zvýšená koagulace krve, inzulinová a leptinová rezistence. S dobrým efektem je k léčbě používán přístroj CPAP.