Lupusová nefritida patří mezi nejzávažnější orgánové projevy systémového lupus erythematodes. Léčba proliferativní lupusové nefritidy vyžaduje kombinovanou imunosupresivní terapii, v indukční fázi jsou dnes standardně používány kortikosteroidy spolu s intravenózním cyklofosfamidem, nebo mykofenolátem; v udržovací terapii je poté volen buď mykofenolát, nebo azathioprin. Část pacientů na tuto terapii neodpoví, netoleruje ji nebo se aktivita onemocnění opakovaně vrací, dlouhodobá imunosupresivní terapie je navíc spojena s rizikem potenciálně závažných nežádoucích účinků, a proto je nutné hledat nové terapeutické možnosti.
V léčbě je možno použít také kalcineurinové inhibitory. V posledních letech jsou pak stále častěji využívány i novější léčebné alternativy včetně biologické terapie, zejména rituximab, belimumab či abatacept.