Patogeneze infekce způsobené virem hepatitidy C (HCV) je řízena jak imunitou hostitele, tak některými metabolickými faktory, které ovlivňují metabolismus v játrech (oxidativní stres, rezistence k inzulinu a jaterní steatóza). Vrozená i získaná imunita hrají u HCV infekce důležitou úlohu.
Rozhodující funkci v eliminaci viru nebo v jeho perzistenci sehrávají cytotoxické lymfocyty. Za nejčastější příčinu perzistence HCV infekce je považován vznik pouze slabé protivirové imunitní odpovědi na virové antigeny, což koresponduje s nemožností likvidovat infikované buňky.