Lišejníky produkují velké množství sekundárních metabolitů, z nichž většina není známá u vyšších rostlin a jsou jedinečné pro lišejníky. Kromě role těchto látek v chemotaxonomii a systematice, sekundární metabolity lišejníků vykazují různé biologické funkce a mohou mít vliv na biotické a abiotické interakce lišejníků s okolím.
Tento článek shrnuje dostupnou literaturu o biotických interakcích lišejníků, které jsou ovlivněné sekundárními metabolity - allelopatie, ochrana proti herbivorii a antimikrobiální aktivita.