Předmětem klinické imunologie a alergologie je diagnostika a terapie nemocí z poruch imunity. Poruchy funkce imunitního systému vyplývají z nedostatečné nebo neúměrné reakce na nebezpečí a projevují se : jako snížená rezistence k infekcím (imunodeficiencie), jako patologická reaktivita na neškodné látky z vnějšího prostředí (alergie), jako patologická reaktivita na buňky a tkáně vlastního organismu (autoimunitní onemocnění), jako porucha imunitního dohledu (nádorové choroby).