Klozapin byl prvním neuroleptikem, které nevyvolávalo extrapyramidové nežádoucí účinky. Z důvodu meylotoxicity byl stažen z trhu, později se však na něj vrátil, jelikož působí také u farmakorezistentní schizofrenie.
Farmakogenetika studuje, nakolik genetická dispozice konkrétního nemocného ovlivňuje účinky určitého léku. Z farmakogenetického hlediska je klozapin snad nejvíce studovaným antipsychotikem.
Farmakogenetické poznatky, týkající se klozapinu, přehledně shrnuli Arranz se spolupracovníky v roce 2011. Pokud jde o účinnost léku, jako nadějné se jeví geny ve vztahu k serotoninu a dopaminu.
Agranulocytóza navozená klozapinem byla jednoznačně asociována s polymorfismy genů hlavního histokompatibilního komplexu HLA. Zhang a Malhotra v roce 2013 uvedli vhodná opatření v dalším výzkumu farmakogenetiky klozapinu u schizofrenie.
Je vhodnější studovat vedlejší nežádoucí účinky (hmotnostní přírůstek, poruchy krvetvorby) než léčebnou účinnost, jelikož nežádoucí účinky jsou ve své etiopatogeneze jednodušší, než komplexně podmíněné terapeutické působení léku. Je také jednodušší studovat nemocné v první fázi onemocnění schizofrenií oproti chronickým pacientům.
Význam epigenetiky ve vztahu ke klozapinu je zatím ve stavu zrodu. Dle práce Donga a kol. z roku 2009 se předpokládá, že u schizofrenie je přítomna hypermethylace promotorů genů GAD67 a reelinu v GABAergních neuronech, v důsledku čehož dochází k poruše GABAergní neurotransmise.
Klozapin navozuje demethylaci v dané oblasti DNA.