Vyšetřovací postup při diagnostice primární ciliární dyskineze není ve světě zcela jednotný. Ve FNM navržený a používaný postup zahrnuje důkladné zpracování anamnézy včetně vyhodnocení klinického indexu, vyšetření řasinek pomocí vysokorychlostní videomikroskopie, nazální NO, vyšetření ultrastruktury řasinek pomocí elektronové mikroskopie a eventuálně genetické vyšetření.
Každý jednotlivý krok vyšetřovacího procesu má svou výpovědní hodnotu, nicméně musí být vždy hodnocen v kontextu výsledků ostatních vyšetření.