Atlas náboženství Česka se snaží reflektovat většinu procesů v souvislosti se specifickým historickým vývojem Česka a s dalšími hybnými silami, které náboženství a religiozitu na území dnešního Česka ovlivňují. První část je věnována vybraným církvím, náboženským společnostem a skupinám obyvatel hlásících se ke stejnému náboženskému vyznání, jejich historickému vývoji, demografi ckým charakteristikám a regionální diferenciaci na území Česka.
Druhá část atlasu je hlouběji zaměřena na sakrální krajinu a odlišnosti v jejím vývoji v různých českých regionech. Třetí, poslední část atlasu je zaměřena na souvislosti náboženství s demografi ckými a socioekonomickými charakteristikami společnosti.