Multiple-locus variable number tandem repeat analýza souboru kmenů Bordetella pertussis v ČR z období 1967-2015: rozšíření varianty adaptované na proočkovanou populaci
Abstrakt
Cíl práce: Cílem práce je Multiple-locus variable number tandem repeat analýza (MLVA) souboru kmenů B. pertussis ze sbírky Národní referenční laboratoře pro pertusi a difterii (NRL/DIPE) Státního zdravotního ústavu (SZÚ) Praha. Jedná se o kmeny získané ze vzorků klinického materiálu převážně na území ČR v téměř padesátiletém období 1967-2015 (červen).
Je porovnávána genetická diverzita a zastoupení detekovaných MLVA typů (MT) ve třech obdobích lišících se vakcinační strategií a trendem výskytu pertuse. Na podkladě získaných výsledků je posouzena vhodnost použití metody MLVA pro analýzu epidemických výskytů B. pertussis v ČR.
Materiál a metodiky: Vzorky DNA extrahované z kmenů B. pertussis studovaného souboru byly analyzovány metodou MLVA podle standardizovaného postupu. Data byla zpracová-na pomocí algoritmu eBURST, pro statistické zpracování byl zvolen výpočet Simpsonova indexu diverzity (DI).
Data byla zpracována pro celý soubor a též odděleně pro skupiny kmenů z tří období: 1967-1980, 1990-2007 a 2008-2015 (červen). Výsledky: V souboru bylo detekováno 14 různých MT, z toho 3 dosud nezjištěné.
Nejčetnější byly v celém souboru MT27 a MT29. MT29 převládal v období 1967-1980, MT27 v obdobích 1990-2007 a 2008-2015 (červen).
Hodnota DI byla nejnižší (0,49) pro období 2008-2015 (červen), pro dvě předchozí období byly hodnoty vyšší a vzájemně srovnatelné (0,667 pro období 1967-1980 a 0,654 pro období 1990-2007). Závěr: MLVA analýzou souboru kmenů B. pertussis izolovaných z klinického materiálu na území ČR v období 1967-2015 (červen) byl prokázán pokles genetické diverzity ve studované populaci a změny v zastoupení a četnosti jednotlivých MT.
Tyto změny lze charakterizovat jako po-stupný nárůst výskytu celosvětově rozšířených MT v České republice na úkor MT regionálně unikátních. Převažujícím MT, stejně jako ve většině geografických oblastí s dlouhodobě proočkovanou populací, je MT27.