Z hlediska úpravy pitné vody právě AOM způsobují značné problémy. Mají negativní vliv na organoleptické vlastnosti vody (především chuť a zápach), zabraňují účinné koagulaci, způsobují zanášení membrán filtrů a v neposlední řadě jsou významnými prekurzory vedlejších produktů vznikajících při hygienickém zabezpečení upravené vody.
Kromě zmíněného byl zejména u nízkomolekulární složky AOM prokázán inhibiční vliv na adsorpci mikropolutantů (např. pesticidů). Při samotném procesu úpravy vody se jako problematická jeví především nízkomolekulární frakce peptidů pod 10 kDa a značně menší aminokyseliny (AMK).