Mikroskopickou kolitidu má 10,0 - 13,7 % pacientů s chronickým vodnatým prů- jmem a 10,7 % pacientů s dráždivým trač-níkem. Incidence mikroskopické kolitidy je 8,6/100 000/rok (ženy : muži - 4 : 1).
Incidence kolitidy kolagenní je 5,5/100 000/rok (ženy : muži - 20 : 1) a kolitidy lymfocytární 3,1/100 000/rok. Častěji se mikroskopické kolitidy vyskytují ve vyšším věku, v 6.-7. dekádě, ale jsou popisovány i u dětí. Výskyt se v jednotlivých oblastech světa neliší.