Aprotinin patří do rodiny serpinů, je to nespecifický kompetetivní inhibitor serinových proteáz, enzymů hydrolyzujících peptidovou vazbu mezi serinem a jinými aminokyselinami v molekulách bílkovin. Vazbou na ně inhibuje trypsin a chymotrypsin, plazmin (působí jako antifibrinolytikum), ve vyšší koncentraci i kalikrein (a tím tvorbu faktoru XIIa, čímž prodlužuje vnitřní koagulační kaskádu; aktivita aprotininu se udává v tzv. kalikrein inhibičních jednotkách - KIU), elastázu, katepsin, aktivovaný protein C či trombin aj.
V medicíně se aprotinin používal od roku 1953 jako inhibitor trypsinu při léčbě pankreatitidy s cílem omezit autodigestivní poškození .