Bronchoskopie je přínosná v diferenciální diagnostice chronických respiračních příznaků s možným vztahem k refluxnímu onemocnění. Hodnotíme přítomnost a stupeň zánětlivých změn, případné poškození struktury dýchacích cest a odebíráme biologický materi ál (BAL, biopsie, mikrobiologie).
Patologické změny pozorované při bronchoskopii nejsou pro diagnostiku refluxního onemocnění specifické, mohou diagnózu podpořit. V současné době není jasné, zda lze počet makrofágů obsahujících tukové inkluze (lipofágů), koncentraci pepsinu či jiného biomarkeru použít k diagnostice refluxního onemocnění nebo k predikci odpovědi na léčbu.