Vodní meloun roste divoce ve velké části tropické a subtropické Afriky. V pouštních a polopouštních oblastech je prokazatelně od prehistorických dob využíván lovecko-sběračskými etniky.
Doklady pro záměrné pěstování máme z konce 3. tisíciletí před n.l.. Později se začal šířit do Evropy a ostatních částí světa.