Pro správnou diferenciální diagnostiku onemocnění způsobených chlamydiemi potřebujeme znát jejich chování, způsoby přenosu, klinické projevy onemocnění a možnosti správné laboratorní diagnostiky jednotlivých druhů těchto mikroorganismů. Úspěch léčby závisí na včasném záchytu onemocnění a na fázi, kdy je mikroorganismus dosažitelný pro antimikrobní léčbu.