Kouření se podílí na změnách imunitních funkcí. Ke snížené obranyschopnosti dochází nejčastěji v oblasti sliznic horních a dolních cest dýchacích.
Mohou se zhoršovat stávající alergická či autoimunitní onemocnění, nádorové buňky mohou unikat sníženému imunitnímu dohledu. Vliv kouření na imunitní systém byl popsán u aktivních i pasivních kuřáků.