Kvalita povrchových vod je stále velmi aktuálním problémem. I přes veškeré snahy je na některých měnších tocích, především v zemědělských oblastech ČR, kvalita vod stále nízká.
Tyto toky následně ovlivňují i významnější řeky a díky zvýšeným koncentracím znečištujících látek, které do řek přinášejí, ovlivňují jejich ekologický stav. Mimo jiné pak dochází k velkému rozvoji eutrofizace, což může mít za následek významné změny v ekosystému.