Hydromorfologické referenční podmínky reprezentují přirozené chování vodních toků, které vykazují značnou variabilitu. Na základě statistických analýz nad daty za 4424 úseků vodních útvarů v kategorii "řeka" byly jako signifikantní pro identifikaci přirozeného chování vodních toků potvrzeny parametry nadmořská výška, sklon údolí, sinuosita a řád toku.
Dále byla zohledněna litologie území. Kombinací vybraných parametrů vzniklo 27 teoretických typů úseků vodních toků, které byly následně ověřeny terénním průzkumem a měřeními v lokalitách rovnoměrně rozložených po celém území České republiky.
Ověřením a zpřesněním bylo stanoveno 9 neovlivněných typů vodních toků a 2 typy pravděpodobně nebo potenciálně upravené, pro které byl odvozen nejbližší neupravený typ. Představená klasifikace vodních toků do typů je základem pro stanovení typově specifických hydromorfologických referenčních podmínek vodních toků na území České republiky, které by měly dále sloužit k hodnocení aktuálního stavu vodních toků z pohledu morfologie a zároveň jako předloha revitalizačních opatření.