Repetitivní transkraniální magnetická stimulace patří mezi nověji zaváděné metody v léčbě neuropsychiatrických poruch. Původní práce cílily na léčbu melancholie, auditivních halucinací, psychóz a dodnes je nejčastěji využívána v léčbě afektivních poruch, poruch úzkostného spektra a u tinitu.
Recentní práce prokazují její účinnost také u dalších neuropsychiatrických onemocnění. V sou časné době je středem zájmu a dobře probádanou lokalizací aplikace v oblasti dorsolaterálního prefrontálního kortexu, nicméně přicházejí informace o nově zkoumaných oblastech.
V běžně užívaných indikacích je účinek prokazován v porovnání s placebem (sham-stimulace), avšak přesný mechanismus účinku stimulace do této chvíle není zcela objasněn, nicméně intenzivní výzkum probíhá.