Postižení distální části trávicího traktu Crohnovou nemocí zahrnuje proktitidu, perianální nemoc (trhlina, fibrózní výčnělek, hemoroidy, píštěle, anální vřed, absces, strikturu a karcinom) a anitidu. Je užívána konzervativní a chirurgická léčba.
V konzervativní léčbě jsou uplatňována antibiotika, imunosupresiva a anti-tumor necrosis faktor-ɑ. Pokud má pacient proktitidu, je chirurgický zákrok nevhodný.