Nejvýznamnější akcí České lékařské společnosti je předávání Purkyňovy ceny na zámku v Libochovicích. Ta byla do roku 1992 často udělována i slovenským lékařům.
Po rozdělení federace uděluje Slovenská lékařská společnost (SLS) několik cen, ale na významu nabývá projekt Dvorana slávy slovenské medicíny založený v roce 2013.