Tonzilofaryngitidy jsou onemocnění s pestrou řadou původců, postihujících sliznice nosohltanu a tonzily. Intenzita a rozsah zánětlivého zarudnutí krku, tonzil, popřípadě měkkého patra, přítomnost nebo absence exsudátu, puchýřků, petechií, enantému, případně i exantému, může být nápomocná ke stanovení etiologické diagnózy.
Ve všech věkových kategoriích je většina případů vyvolaná viry (70-80%) a je typické, že kromě rinovirů, resp. infekční rýmy, respirační viry velice často nepostihují pouze jediný segment dýchacích cest. Z baktérií je nejčastějším původcem Streptococcus pyogenes A (C-G), jen zcela vzácně jsou u nás diagnostikovány tonzilofaryngitidy s původci u Arcanobacterium haemolyticum, obvykle spíše u adolescentů a mladých dospělých v ubytovnách s nižším hygiecnickým standardem, nebo Neisseria gonorrhoe v rizikových skupinách.
U nás zcela vzácným agens je původce záškrtu Corynebacterium diphtheriae, resp. jeho toxin, v současné očkované populaci se již léta sice nevyskytuje, ale může být importováno ze zemí s jeho výskytem (Rusko, Bělorusko, Ukrajina, Moldavia ap.) či u migrantů. Některé baktérie mohou kromě svých typických příznaků i známky faryngitidy, ale bez postižení tonzil.
Z toho vyplývá, že antibiotická léčba je prakticky cílená pouze proti Streptococcus pyogenes skupiny A. Vzhledem k tomu, že bakteriální etiologie je pravděpodobná u 15-20 % tonzilofaryngitid, je zřejmě, že většina pacientů je antibiotiky léčena zbytečně.