Neuroendoskopie je mini-invazivní efektivní operační technika s komplikacemi a obecně velmi nízkou morbiditou a mortalitou. U novorozenců a kojenců je neuroendoskopie technicky náročná, vyžaduje kvalitní pediatrické instrumentárium.
V některých případech ji nelze provádět bez elektromagnetické neuronavigace, jelikož se velmi často pohybujeme v malformovaných komorách bez možnosti zásadnější anatomické orientace, zvláště v případě multikompartmentového hydrocefalu.