V současnosti je známo, že změny ve složení střevní mikroflóry vedou u laboratorních zvířat k určitým změnám v jejich chování. Předmětem zkoumání u laboratorních zvířat jsou především projevy depresivního a úzkostného chování.
Využití znalostí o změnách ve střevním mikrobiomu a vzniku nějaké choroby v humánní medicíně je zatím na teoretické úrovni, neboť nebylo provedeno dostatek studií, nicméně v rámci psychiatrie se hovoří např. o depresivní poruše, úzkosti a autismu. Zda může být změna ve střevní mikroflóře příčinou nebo důsledkem nějaké choroby, zůstává protazím nejasné.