Lékem volby je u všech forem pneumocystové pneumonie kotrimoxazol v dávce trimetoprim 15-20 mg/kg/d + sulfametoxazol 75-100 mg/kg/d ve čtyřech denních dávkách po 21 dní, s úpravou dávek dle clearance kreatininu a v případě intravenózní léčby i podle sérových hladin léku. Mírné nežádoucí účinky ani lehké alergické projevy v anamnéze nejsou důvodem ke změně léčby.
Alternativou pro středně těžkou až těžkou formu je kombinace klindamycinu s primachinem nebo i. v. pentamidin. Alternativou pro lehkou až středně těžkou formu je klindamycin s primachinem, trimetoprim s dapsonem nebo atovaquon.
Kortikoterapii doporučujeme silně zvažovat co nejdříve u všech nemocných s hypoxií v dávce prednisonu 40 mg 2x/d D 1-5, 40 mg/d D 6-10 a 20 mg/d do D 21. U všech nemocných, kteří jsou již kortikoidy léčeni, doporučujeme pokračovat minimální dávkou 2x 40 mg.
Pokud je chronická dávka vyšší, doporučujeme zahájit snižování až po respirační stabilizaci. Kortikoid je doporučen v léčbě respiračního zhoršení následkem rozpadu pneumocyst krátce po nasazení léčby.
Před konstatováním selhání léčby je třeba vyloučit koinfekce, pneumotorax, retenci tekutin apod. a se změnou léčby vyčkat minimálně týden. Nemocné doporučujeme izolovat na samostatném pokoji.