Gastrointestinální motilita a její vliv na clearance luminálního obsahu trávicím traktem lze diagnostikovat různými vyšetřovacími modalitami. V klinické praxi je jednou z nejdůležitějších diagnostických metod manometrie, a to zejména v detekci ezofageálních a anorektálních poruch.
Také radiografické metody poruch motility gastrointestinálního traktu jsou cenným diagnostickým nástrojem. Scintigrafie je stále standardem pro hodnocení žaludečního vyprazdňování, 13C dechové testy jsou její alternativou.
Mnoho jiných technik se používá především v rámci vědeckého výzkumu, nicméně některé vybrané metody mohou být začleněny do standardní diagnostiky poruch motility GIT.