Pro diagnostiku analní a fekální inkontinence je potřebná dobrá anatomická znalost anorektální oblasti. V samotné diagnostice pak rozlišujeme, zda se jedná o úniky stolice v důsledku porodních poranění, či zda jde o funkční poruchy, především u starších pacientek.
Vyšetření zahrnuje mimo jiné dotazníky kvality života, fyzikální vyšetření a zobrazovací metody, jmenujme například anoD rektální manometrii, která poskytuje funkční diaD gnostiku, nebo ultrasonografii.