Po raném dětství v severočeském rodišti strávil Cantani (zvaný tehdy Arnoldem) léta 1842-1864 v Praze, kde jeho otec pracoval jako lékař říšského starohraběte Salma. zdor literárním vlohám začal studovat práva, brzy však přešel na Lékařskou fakultu Karlo-Ferdinandovy univerzity. Během studií publikoval v Lotosu A Obrazech života krátké články s převážně botanickou tematikou.
Dosáhl doktorátů lékařství (1860) a chirurgie (1863). Od roku 1861 pracoval jako externí, pak sekundární lékař na I. lékařské klinice pražské Všeobecné nemocnice pod přednostou Antonem Jakschem, spoluzakladatelem tzv. pražské lékařské školy a svým pravým učitelem.
Do Časopisu lékařů českých přispíval výpisky a výtahy z italských prací, do italského tisku naopak zprávami o pražských léčebných metodách. Překlad Niemeyerova Lehrbuchu do italštiny a náhodné setkání v Praze s profesorem Salvatorem Tommasim mu roku 1864 přinesly jmenování mimořádným profesorem farmakologie a toxikologie v Pavii, tedy splnění jeho snu o návratu do země otcovských předků.