Podmínkou účinné a bezpečné terapie je správné rozlišení amiodaronové thyreotoxikózy 1. a 2. typu. První typ se léčí methimazolem, bývá dlouhá odpověď na terapii, podle nových poznatků se nedoporučuje okamžité vysazení amiodaronu a pacienta je většinou nutno připravit k totální thyreoidektomii nebo plánovat léčbu radiojódem, je-li dostatečná akumulace.
Druhý typ se léčí glukokortikoidy, reaguje na terapii poměrně rychle (1 - 2 týdny), častěji přechází do trvalé remise nebo do hypothyreózy a amiodaron (pokud není jasná kardiologická indikace) lze vysadit už po několika týdnech. Hypothyreóza po amiodaronu se léčí substitucí levothyroxinem a amiodaron se nepřerušuje.