Dětská chirurgie zůstala i po novele zákona č. 95/2004 mezi základními specializačními obory v České republice, tedy na pozici, která je standardní v zemích Evropské unie. Vzdělávací program pro obor dětské chirurgie v minimální délce 5 let zahrnuje základní všeobecný chirurgický kmen a po vlastní specializační přípravě je ukončen atestační zkouškou.
Obor zabezpečuje chirurgickou péči od novorozenců po 18leté mladé dospělé. Základními součástmi oboru jsou novorozenecká chirurgie, chirurgie vrozených vad, břišní a hrudní chirurgie, skeletální traumatologie, dětská urologie a dětská onkochirurgie.