Evoluce člověka probíhala pod vlivem mnoha vnějších faktorů. Pravděpodobně nejsilnější vliv měla expozice mikrobiálnímu světu.
Patogenní mikroorganismy byly až donedávna tvrdým selekčním nástrojem evoluce. Mezi nejvýznamnější přínosy medicíny lze právem zařadit ochranu lidské populace před působením nejvýznamnějších bakteriálních a virových patogenů aktivní imunizací, očkováním.
Individuální negativní dopady patogenů na člověka umíme řešit prostřednictvím antibakteriálních látek. Tyto úspěchy medicíny byly až donedávna základem pro obecné dogma, že mikrobiální svět je pro člověka nebezpečný a zatěžující.
Zcela se zapomnělo na skutečnost, že patogenní mikroorganismy představují pouze nepatrnou množinu mikrobiálních společenství, kterým je člověk vystaven ve svém životním prostředí. Navíc jsou různé kompartmenty lidského těla osídleny složitými společenstvími mikroorganismů, tzv. mikrobiotou, která poskytuje bezprostřední ochranné funkce, pozitivně moduluje slizniční i systémovou imunitu, poskytuje metabolickou podporu a je schopna likvidace xenobiotik, kterým je člověk vystaven.
Nejvíce informací o přirozené mikrobiotě máme pro trávicí trakt a kůži. Vhodnými přístupy, především optimální stravou, lze přínosy přirozené mikrobioty posílit.