Cholangiokarcinom patří mezi nádorová onemocnění s velmi špatnou prognózou. Jediným potenciálně kurativním přístupem je chirurgická resekce, přestože pravděpodobnost lokálního i vzdáleného relapsu je i po radikální operaci vysoká.
Přínos adjuvantní terapie není zcela jasně definován, přesto je zejména u pacientů s vysokým rizikem recidivy indikovaná v podobě chemoterapie či chemoradioterapie. Lokálně pokročilé neresekabilní onemocnění je možné také ovlivnit chemoterapií nebo její kombinací s radioterapií.
Dávky záření jsou vyžadovány relativně vysoké, proto je nutné používat nejmodernější techniky radioterapie. Léčba metastatického onemocnění je v současné době založena především na systémové chemoterapii v režimu gemcitabin a cisplatina.
Přínos cílené molekulární terapie aktuálně není jednoznačný, ale pokroky zejména v genetickém profilování nádoru mohou pomoci posunout klinickou praxi. Pacienti s těmito typy nádoru musejí být řešeni především v rámci konzultací multidisciplinárního týmu.